Puesto que desde dentro del sistema educativo se hacía imposible la reforma, los hombres de la Institución Libre de Enseñanza crearon un organismo nuevo, ajeno a la burocracia. El fin de la Junta era organizar a escala nacional y con fondos del Estado lo que la Institución Libre de Enseñanza llevaba años esforzándose en conseguir en un grupo limitado: la formación total del ser humano. En sus 30 años de existencia, la Junta para Ampliación de Estudios envió a centros de investigación extranjeros a 1594 españoles, hombres y mujeres. La vida científica nacional era un auténtico yermo y por eso lo más urgente era ayudar a los jóvenes a salir al exterior. Después, la Junta se encargó de ir creando en nuestro país los centros adecuados (como el Centro de Estudios Históricos y el Instituto Nacional de Física y Química) para que pudieran seguir trabajando a su regreso. Más tarde fue poniendo en marcha las instituciones enumeradas, como las Residencias, y el Instituto-Escuela.

La Junta se creaba, por tanto, para combatir la atonía educativa española, consecuencia directa de la atonía general de la sociedad. Partía la idea de la Institución Libre de Enseñanza, pero materializaba una preocupación que compartían otros muchos. El que fuera un organismo público financiado por fondos estatales, aunque no lo más acorde con Giner, tenía no obstante sus ventajas: aseguraba recursos económicos y salir del círculo, selecto pero reducido, en que hasta entonces se movía la Institución, ampliando su radio de acción y acelerando la reforma.

Cabeza de Ramón y Cajal

Pero existieron contradicciones: a unos les irritaba la independencia de estos organismos, a la vez que se nutrían de los presupuestos del Estado; a otros les repelía el tono selecto y extranjerizante de la educación que propugnaban, para muchos despreciativa y traidora del genio español; a bastantes les inquietaba su laicismo militante. Según José de Castillejo, su Secretario, la Junta para Ampliación de Estudios, sus diversos organismos y todo lo que ella significaba, era poco digerible para los políticos españoles; y eso a pesar de que tenía 21 miembros honorarios de todas las tendencias ideológicas, que se reunían una o dos veces al mes, y a pesar también de que todas las decisiones fueron tomadas por unanimidad en sus 30 años de existencia. Se la atacó desde el mismo día de su nacimiento, el 11 de enero de 1907. Diversos gobiernos intentaron por todos los medios frenar su actividad, y lo consiguieron con relativo éxito, sobre todo los primeros años, hasta 1910.